Вы правы на 99%. Росреестр в данном случае перестраховался там, где это не требуется. Разъясняю: объектом сделки по ДДУ является будущая квартира, которая принадлежит застройщику как юридическому лицу (ООО), а не лично генеральному директору. Согласно статье 34 Семейного кодекса РФ, совместным имуществом супругов является то, что нажито ими во время брака. Активы ООО принадлежат самому обществу, а не его участникам или руководителям (статья 66 ГК РФ, пункт 2).
Даже если генеральный директор — единственный участник ООО, его доля в уставном капитале — это его личное имущество (с возможным режимом общей собственности супругов), а вот квартиры, которые строит ООО, — это активы юрлица. На них режим собственности супругов директора не распространяется.
Что делать? Пишите жалобу в вышестоящий орган Росреестра или в суд. Практика по этому вопросу уже сложилась — вплоть до разъяснений Верховного суда (например, "Обзор судебной практики ВС РФ № 3 (2021)", где указано, что согласие супруга руководителя юрлица на сделки самого юрлица не требуется). Приложите к заявлению выписку из ЕГРЮЛ, где видно, что квартира числится на балансе юрлица. И обязательно укажите на незаконность требования, так как оно создаёт необоснованные препятствия для участника долевого строительства.